Фамилия Черныгин — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, но с характерным русским суффиксом принадлежности. Основа здесь — «черныга». В старину так называли человека с очень тёмными, чёрными волосами, смуглой кожей или просто того, кто ходил в чёрной, некрашеной одежде (от прилагательного «чёрный»). Суффикс -ыг- в слове «черныга» — уменьшительный или пренебрежительный, как в словах «бедняга», «бродяга». То есть Черныга — это «чернявый», «тёмненький», но с оттенком простонародной фамильярности.

Фамилия образована по модели «прозвище + -ин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Черныгин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Черныга. Это типичная модель для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли давать и по отцу, и по деду, фамилии на -ин чаще закреплялись за младшими ветвями рода или за людьми, чьи прозвища заканчивались на -а/-я.

Интересная деталь: фамилия почти не имеет параллелей с «географическими» корнями. В отличие от Чернышёва (от «черныш» — птица или прозвище) или Черняева (от «черняй»), Черныгин жёстко привязана к прозвищной форме на -ыга. В старых писцовых книгах и переписях можно встретить крестьян Черныг из северных и центральных уездов России — Новгородской, Костромской, Вологодской губерний. Именно там, в зоне распространения «окающего» говора, прозвище Черныга звучало естественно, а фамилия Черныгин не смешивалась с однокоренными Чернавиными или Черноусовыми.

Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами или ремесленниками. Дворянских родов Черныгиных в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет. Это чисто народная фамилия, которая не «облагородилась» через прибавление -ский и не попала в высшее сословие. По данным переписей XIX века, Черныгины встречались в основном среди государственных крестьян и мещан, редко — среди купцов. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были черносошными крестьянами или посадскими людьми из северной или центральной России.