Фамилия Черныховская — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание суффиксом. Формант -ск- указывает на её происхождение от географического названия, а окончание -ая (а не -ий) — на женскую форму. В мужском варианте фамилия звучала бы как Черныховский. Такие фамилии в основном носили дворяне, шляхта, духовенство и выходцы из западных земель Российской империи, где топонимические фамилии были особенно распространены.

Основа фамилии — топоним Черныхово или Черныхов. Скорее всего, речь идёт о селе или деревне с таким названием. Корень «черн-» в славянских названиях чаще всего связан с цветом: «чёрный» — цвет земли, леса, воды или даже прозвища первопоселенца. Например, Черныхово могло означать «селение человека по прозвищу Чёрный» или «место на чёрной (тёмной) реке». Вторая часть «-ых-» характерна для русских фамилий на -их/-ых (типа Черных, Седых), но здесь она перешла в состав топонима. То есть Черныхово — это, вероятно, «вотчина или деревня Черных», то есть рода Черных.

По географии бытования фамилия Черныховская тяготеет к западу и югу России, а также к Украине и Беларуси. Встречается она нечасто — это редкая фамилия, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска. Если предок носил такую фамилию, он, скорее всего, происходил из мелкопоместного дворянства или духовенства, реже — из крестьян, получивших фамилию по месту жительства после отмены крепостного права.

Любопытно, что фамилия Черныховская звучит почти как «Черняховская», но с другим акцентом и корнем. Черняховский — от имени Черняк или города Черняхов, а Черныховский — именно от формы «Черных». Это редкий случай, когда патронимический суффикс -их- (указывающий на принадлежность к роду) стал частью топонима, а затем и фамилии. Такая двойная аффиксация — явление нестандартное, и оно говорит о том, что фамилия формировалась не по шаблону, а через конкретную местную традицию именования.