Фамилия Черубаев — редкая, с неочевидной этимологией. Если не пытаться подогнать её под тюркские или славянские шаблоны, а разобрать по составу, картина проясняется.

Основа фамилии — «черуб». Это не имя и не прозвище, а искажённое или диалектное произношение слова «червь». В южнорусских и украинских говорах «черуб» — это червяк, гусеница или личинка. Суффикс «-аев» (от «-аевъ») — типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на мягкий согласный или на «-а/-я». Модель та же, что в фамилиях Каратаев, Глазаев, Бородаев: к основе на «-а» прибавляется патронимический суффикс «-ев». То есть Черубаев — буквально «сын Черубая», где Черубай — человек по прозвищу Черуб (Червь).

Прозвище Червь могло даваться по разным причинам. Самая вероятная — внешняя: худой, маленький, юркий человек. В крестьянской среде прозвища часто были необидными, а описательными. Вторая версия — ремесленная. Червями называли людей, занятых добычей наживки, или, в переносном смысле, копающихся в земле — огородников, землекопов. Третья, более редкая, — по поведению: «червь» мог означать назойливого, приставучего человека.

Важно: фамилия не тюркская, хотя суффикс «-аев» в русском языке иногда путают с тюркскими патронимиками. В тюркских языках «черуб» не имеет осмысленного корня (близкого к «червь» там нет). Поэтому версия о славянском происхождении от диалектного «черуб» — основная и единственная правдоподобная.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Встречается в Ростовской области, Краснодарском крае, а также среди потомков казаков. В казачьей среде прозвища были особенно живучи и часто становились фамилиями без изменений.

Социально Черубаевы — почти наверняка крестьяне или однодворцы. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не перешла в разряд «семейных» для знати, а осталась в низовых слоях, что подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение.

Написание устойчивое: Черубаев, а не Черубаевъ или Черубaев. Вариант через «ё» (Черубаёв) не встречается — ударение падает на последний слог, на «аев».