Фамилия Черубко — характерный пример фамилий, образованных с помощью украинского или белорусского уменьшительно-ласкательного суффикса -ко. В восточнославянской ономастике этот суффикс часто присоединялся к прозвищам, именам или названиям ремёсел, превращая их в фамилии. В данном случае основа — «черуб» — неочевидна и вызывает споры.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «черубать» или «черубить» — рубить, крошить, делать зарубки. В таком случае прозвище Черуб мог получить человек, занимавшийся рубкой леса, плотницким делом или, например, мясник. Суффикс -ко в украинской традиции часто указывал на молодого человека или сына: Черубко — «сын Черуба» или «маленький Черуб».

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с глаголом «черужить» (чередовать, перемежать), что могло относиться к характеру или способу работы. Однако эта версия слабее, так как слово «черубать» встречается в говорах Полесья и западных областей Украины и Беларуси, что даёт более надёжную географическую привязку.

Географически фамилия Черубко встречается преимущественно на западе Украины (Волынь, Ровенская область) и в южной Беларуси (Брестская область). Это указывает на ареал, где суффикс -ко был основным способом образования фамилий от прозвищ, а не от крестильных имён. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу, Черубко — прямая производная от личного прозвища, что делает её более «прозрачной» для этимологии.

В социальном плане носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или ремесленному сословию. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Встречаются единичные упоминания Черубко в метрических книгах XIX века на Волыни — как правило, это были свободные земледельцы или мещане.