Фамилия Чиботкина — женская форма фамилии Чиботкин. Она образована от прозвища или нецерковного имени Чиботка, а то, в свою очередь, — от слова «чебот» (или «чибот»). Так в старых русских говорах называли сапог, башмак, а иногда и вообще любую кожаную обувь. Слово это тюркского происхождения (сравните татарское «чабата» — лапоть), но в русском языке обросло множеством производных. Чеботарь — сапожник, чеботной — относящийся к сапожному делу. Соответственно, Чиботка — это либо маленький сапожок, либо, что вероятнее, прозвище человека, который шил или продавал обувь.

Суффикс -ин в фамилии Чиботкин указывает на принадлежность: «чей?» — чиботкин, то есть сын или потомок Чиботки. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены наряду с -ов/-ев. Географически фамилия Чиботкина встречается нечасто, но прослеживается в Поволжье и некоторых областях Черноземья — как раз в тех местах, где было сильно влияние тюркских языков и где слово «чебот» бытовало в речи.

Интересно, что фамилия Чиботкин (Чиботкина) стоит в ряду «обувных» фамилий: Чеботарев, Сапожников, Башмачников. Однако если Чеботарев — прямая отсылка к профессии (чеботарь), то Чиботкин образован через уменьшительную форму. Это может говорить о том, что прозвище Чиботка дали не столько по ремеслу, сколько по внешности или привычке: например, человеку, который носил необычные или заметные сапоги, либо низкорослому — «сапожок». В ономастике такие случаи не редкость: прозвище по предмету одежды часто переходило на род, не обязательно связанный с его производством.

В дореволюционных источниках фамилия практически не фиксируется в дворянских родословных. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки Чиботкиных были ремесленниками или мелкими торговцами в уездных городах и сёлах. После отмены крепостного права фамилия закрепилась, и сейчас её носители живут в основном в европейской части России, хотя точных статистических данных по распространению нет.