Фамилия Чеботкина — женская форма фамилии Чеботкин, и её происхождение напрямую связано с ремеслом. В основе лежит слово «чебóт» или «чебóтка» — так в старых русских говорах называли сапог, башмак, а иногда и просто обувь. Корень тот же, что в фамилиях Чеботарев, Чеботарь, Чеботов. Чеботкин — это «сын чеботкаря», то есть человека, который шил или чинил обувь. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чеботкин, то есть из семьи того, кого прозвали Чеботка (или Чеботок).

Интересно, что в отличие от более распространённой фамилии Чеботарёв, где суффикс -арь прямо обозначает профессию (чеботарь — сапожник), Чеботкин мог образоваться не только от профессии отца, но и от личного прозвища. Прозвище Чеботок могли дать человеку небольшого роста, с ногами «под сапожок», или тому, кто постоянно носил какие-то особенные, заметные сапоги. В некоторых говорах «чеботка» — это ещё и вид женской обуви, что делает возможной и женскую линию прозвища.

Точной географической привязки у фамилии нет: она встречается и в центральных областях России, и в Поволжье. В документах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Чеботкин, что говорит о её недворянском, «ремесленном» происхождении. В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, так что предки Чеботкиных — скорее всего, мастера-обувщики или крестьяне, получившие прозвище за связь с сапожным делом.