Фамилия Чифонова — женская форма фамилии Чифонов, и её разговорный вариант на -а характерен для русской традиции. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Чифон. Слово «чифон» в русских говорах имеет несколько значений, и самое вероятное — это диалектное название чибиса, птицы из семейства ржанковых. В некоторых областях чибиса называли «чифоном» или «чифой» за его характерный крик. Так могли прозвать человека за манеру поведения, голос или внешнее сходство с этой птицей.

Менее распространённая версия связывает основу с заимствованием из французского «chiffon» (тряпка, лоскут), но это маловероятно: фамилия явно народная, не дворянская, и её корни уходят в крестьянскую или мещанскую среду. Французское слово вошло в русский обиход поздно и вряд ли стало бы основой для прозвища в XVI–XVII веках, когда формировалось большинство русских фамилий.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Чифонов — «сын Чифона». Модель образования стандартная для северных и центральных областей России. Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждается современными данными: наибольшая концентрация носителей — в Самарской и Свердловской областях.

География бытования подсказывает, что предки Чифоновых могли быть государственными или помещичьими крестьянами из тех мест. В архивных записях XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в метрических книгах сел Нижегородской и Казанской губерний. Поскольку прозвище Чифон не было широко распространённым, фамилия осталась достаточно редкой и не смешалась с массовыми аналогами.