Фамилия Чикшина — женская форма фамилии Чикшин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени основателя. Сама основа «Чикш» — явление редкое для русских фамилий, и здесь мы сталкиваемся с несколькими возможными путями образования.

Самый вероятный вариант — связь с тюркскими языками. В них корень «чик» или «чок» часто означает «много», «обильно», а «чикеш» (тат., башк.) — «клещ» или «насекомое». Прозвище Чикша могли дать человеку маленького роста, юркому или назойливому, либо тому, кто жил в болотистой местности, где водилось много клещей. Суффикс «-ин» в фамилии Чикшин указывает на принадлежность: «чей?» — «Чикшин сын», то есть сын Чикши.

Вторая версия, менее распространённая, но правдоподобная для северных регионов России, — связь с коми-пермяцким или удмуртским языком. В них «чик» может означать «берег» или «кромка», а «ш» — суффикс. Тогда Чикша — человек, живший на краю, у обрыва или на окраине поселения. В пользу этого говорит география: фамилия Чикшины встречается в Пермском крае и Кировской области, где финно-угорский субстрат силён.

В отличие от фамилий на «-ов» или «-ев», которые часто образовывались от полных крестильных имён (Иван — Иванов), фамилии на «-ин» чаще возникали от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (Чикша, Молча, Грязнуха). Поэтому Чикшин — типичная «прозвищная» фамилия, указывающая на характер или внешность предка, а не на его профессию.

Сословно фамилия не закрепилась за дворянством — в дореволюционных списках Чикшины числятся в основном среди государственных крестьян и мещан Вятской и Пермской губерний. Это говорит о том, что предок Чикшина был, скорее всего, свободным земледельцем или ремесленником, а не крепостным.

Однокоренные фамилии — Чикшев, Чикшаев, Чикшинский — встречаются редко и часто путаются с Чекшиным (от «чекша» — вид одежды или реки в Карелии), но Чикшина — это именно форма с твёрдым «ч» и узким ареалом бытования, что делает её любопытным маркером для тех, кто ищет свои корни на Урале или в Предуралье.