Фамилия Чикунский — редкий пример, где географический суффикс -ский сочетается с основой, которая почти наверняка имеет не географическое, а прозвищное или профессиональное происхождение. Модель «прозвище + -ский» типична для польской шляхты и украинской старшины, но в русском быту такие фамилии нередко давали семинаристам или переселенцам, записывая их по месту выхода. Однако в случае Чикунского топонимов, от которых фамилия могла бы произойти напрямую (вроде Чикунск или Чикуны), на карте нет. Значит, корень надо искать в прозвище.

Основа «чикун» — тёмная, но разгадка лежит в диалектах. В южнорусских и украинских говорах «чикун» — это птица чибис, или пигалица. Прозвище Чикун могли дать человеку за крикливый голос, суетливость или яркую внешность — по поведению птицы. Вторая версия, менее поэтичная: «чикун» — вариант слова «чекун» (от «чека» — металлический стержень). Так могли называть кузнеца, тележного мастера или того, кто делал засовы. Встречается и значение «чикун» как «боец, драчун» (от глагола «чикать» — бить, рубить), но это уже совсем редкий вариант.

Суффикс -ский указывает, что фамилия оформлялась по модели «чей?» — то есть «принадлежащий Чикуну». В дворянской среде так образовывали фамилии от названий имений, но в крестьянской и мещанской среде это могла быть «приписная» фамилия, данная при переписи или поступлении в учебное заведение. Если носитель был из духовного сословия, фамилию могли дать в семинарии по прозвищу отца или по названию села, но село Чикунское неизвестно.

Таким образом, Чикунский — это «сын Чикуна», внук человека с прозвищем Чикун. Скорее всего, предок был либо заметным, голосистым человеком (как чибис), либо имел отношение к обработке металла. Фамилия редкая, встречается в основном в западных областях России и на Украине, что косвенно подтверждает южнорусские корни прозвища.