Фамилия Чилингирис звучит для русского уха необычно — и это прямое указание на её происхождение. Перед нами типичная литовская фамилия с характерным суффиксом -ис. В литовском языке этот суффикс, как и -ас, -ус, оформляет мужские фамилии в именительном падеже. Если бы носитель фамилии был женщиной, фамилия звучала бы как Чилингирене (по мужу) или Чилингирите (по отцу). Таким образом, перед нами не славянская, а балтийская фамилия, распространённая в Литве и среди литовской диаспоры.

Основа фамилии — «чилингир» — восходит к литовскому слову čilingis или его диалектным вариантам. Точное значение этого слова сегодня утрачено, но ономасты связывают его с профессиональным прозвищем. Скорее всего, Чилингирис — это «чилингас», то есть человек, занимавшийся изготовлением или продажей особого вида обуви, возможно, лаптей или постолов (традиционной литовской кожаной обуви). В литовском языке есть слово čilingė — «лапоть», что делает версию с прозвищем сапожника или торговца обувью наиболее правдоподобной.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с географическим названием. В Литве есть несколько небольших местностей с корнем «Чилинга» (Čilinga). В таком случае фамилия могла возникнуть как указание на выходца из такого места: «Чилингирис» — «тот, кто из Чилинги». Однако для литовских фамилий топонимическая модель чаще даёт суффикс -ишкис, а не -ис, поэтому версия прозвища по ремеслу выглядит убедительнее.

Фамилия Чилингирис — редкая. В России она почти не встречается вне контекста литовского или литовско-польского дворянства. В исторических документах XIX века её носители фиксировались в Ковенской и Виленской губерниях, в основном среди крестьян и мелкой шляхты. После присоединения Литвы к Российской империи многие литовцы, попадая в русскую среду, русифицировали окончание фамилии, и Чилингирис мог превратиться в Чилингирова или Чилингирева. Но в исходной форме фамилия сохранила литовское звучание и чётко указывает на балтийские корни семьи.