Фамилия Чилькова — женская форма фамилии Чильков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил предок-мужчина. В основе лежит слово «чиль» или «чиля», которое в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, это диалектное название небольшой рыбы, вроде уклейки или пескаря. Человека могли прозвать Чильком за маленький рост, худобу или юркость. Но есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых регионах «чиль» означало «зазубрина», «щепка» или «заноза» — такое прозвище мог получить мастер, работающий с деревом, или просто придирчивый, колкий человек.

С точки зрения словообразования, фамилия Чильков относится к самой распространённой модели на -ов/-ев, типичной для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён. Суффикс -к- в основе (Чильк-о) указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму, что характерно для бытовых прозвищ. Таким образом, фамилия возникла как «Чильков» — сын Чилька, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Географически фамилия Чильков (и Чилькова) встречается не повсеместно, а тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к Вологодской, Архангельской и Костромской областям. Это косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой и прозвищами, а не с каким-то широко известным именем. В дореволюционных источниках Чильковы упоминаются среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ, а не от дворянских родов.

Интересно, что фамилия Чилькова могла иметь и топонимическую подоплёку: в некоторых местах существовали речки или урочища с названием Чилька, Чильково. В таком случае предок получил фамилию не от прозвища, а по месту жительства — выходец из Чилькова. Однако эта версия менее вероятна, так как сама топонимика чаще всего вторична и происходит от того же прозвищного корня.