Фамилия Чимонина — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а финно-угорская. В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван → Иванов → Иванин), здесь корень «Чимон» не имеет аналогов в православных святцах. Это сразу указывает на прозвищное или диалектное происхождение.

Логичнее всего искать корни в коми-пермяцких или удмуртских говорах. В них есть слово «чим» — «кожура, шелуха», а также «чимон» как вариант названия мелкого лесного зверька (возможно, бурундука или горностая). Фамилия могла возникнуть как прозвище: Чимон — человек маленький, юркий или, наоборот, неопрятный, «шелудивый». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чимонин сын, Чимонина дочь.

По модели образования фамилия Чимонина стоит в ряду таких же редких отпрозвищных фамилий, как Чимарин, Чимаев, Чимов. Все они, скорее всего, из северных и приуральских регионов, где русское население веками соседствовало с коми. Географически фамилия встречается в Пермском крае, Кировской области и Удмуртии — именно там, где смешение языков давало такие необычные основы.

Версия о происхождении от тюркского «чимен» (луг, трава) или от искажённого имени Симеон (Семён) — маловероятна. В первом случае фамилия звучала бы как Чименов, во втором — на Севере и в Поволжье Семёновы и Семины повсеместны, а Чимонины — единичны. Так что прозвище от местного слова — самый надёжный путь.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или черносошными крестьянами, реже — однодворцами. Дворянских родов Чимониных не зафиксировано. Фамилия нечастотная, поэтому её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких близких родовых гнёзд в Прикамье.