Фамилия Чингизхан стоит особняком в русском ономастиконе — это не крестьянское прозвище, не ремесленная кличка и не название деревни. Она напрямую восходит к имени основателя Монгольской империи Чингисхана (Тэмуджина). Вопрос в том, как и когда это имя стало фамилией у русских или российских подданных.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована напрямую от имени-титула «Чингизхан» (или «Чингисхан») без дополнительных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Это нетипично для исконно русских фамилий, где суффикс указывал на принадлежность («чей сын?»). Отсутствие суффикса — сильный сигнал о позднем, книжном или искусственном происхождении. В русской традиции такие фамилии чаще всего встречаются у выходцев из тюркских или монгольских народов, у которых патроним (имя отца) мог просто перейти в фамилию без изменений.

Скорее всего, фамилия Чингизхан — не древняя, а относительно новая. Она могла появиться в XIX–XX веках у представителей тюркских народов (казахов, татар, башкир, узбеков), которые в качестве фамилии взяли имя знаменитого предка или исторического героя. В среде мусульманских народов Российской империи, особенно у знати, было принято подчёркивать родство с Чингизидами — прямыми потомками Чингисхана. Фамилия Чингизхан могла быть как указанием на реальное (или приписываемое) происхождение, так и данью уважения.

Встречается и другой вариант: фамилию могли дать при советской паспортизации 1920–1930-х годов, когда чиновники записывали людей по имени отца. Если отца звали Чингизхан (а такие имена в мусульманской среде бытовали), то дети автоматически получали фамилию Чингизхан. Имя Чингизхан (как личное) встречается у татар, казахов и других народов — его давали в честь великого хана, вкладывая в это пожелание силы и власти.

Что касается географии, фамилия редкая и преимущественно встречается в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Казахстане, а также среди татарской диаспоры. В России она не входит даже в первую тысячу распространённых фамилий.

Утверждать, что носитель фамилии Чингизхан — прямой потомок Чингисхана, было бы неосторожно. Скорее, это фамилия-имя, образованная от личного имени, которое, в свою очередь, восходит к титулу. Главное, что отличает её от массы русских фамилий, — это полное отсутствие русской морфологии: она стоит в исходной форме, как и пришла из тюркского или монгольского именослова.