Фамилия Чипегин — редкий пример, где неочевидный корень сочетается с прозрачной словообразовательной моделью. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чипегин означает «сын Чипеги» или «человек из семьи Чипеги». Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ин образовывались от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я.

Куда сложнее с основой. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Чипега. В русских диалектах «чипега» могло означать либо нечто мелкое, щепку (от «чип» — щепка, заноза), либо, что правдоподобнее, относиться к глаголу «чипеть» — шипеть, издавать резкий звук. Прозвище Чипега могли дать человеку с резким голосом или вспыльчивым характером. В некоторых говорах «чипега» — это ещё и название птицы (чибис, пигалица), так что возможна и «птичья» версия происхождения: прозвище по повадкам или внешнему сходству.

Есть и более прозаичная гипотеза: Чипегин мог возникнуть от тюркского корня. В казахском и татарском языках «чип» или «чипе» означает край, границу, а также может относиться к обозначению быстрого, юркого человека. Учитывая, что фамилия встречается в Поволжье и на Урале — зонах активных контактов с тюркскими народами, — эта версия не менее весома, чем славянская.

Сословного барьера у Чипегиных не было: фамилия встречается и в крестьянской среде (особенно в бывших вотчинах Строгановых на Урале), и среди казачества. Писали её в старых документах вариативно: Чипегин, Чипигин, реже Чипекин — путаница с буквой «е/и» в корне типична для говоров, где эти звуки не различались. В современной России Чипегины рассеяны от Смоленщины до Сибири, но наиболее плотно — в Пермском крае и Кировской области.