Фамилия Чистопольцев — типичный пример «географического» отчества, образованного от названия города Чистополь. Этот город, основанный в XVIII веке, стоит на Каме, сегодня он входит в состав Татарстана. Суффикс -цев указывает на принадлежность: Чистопольцев — это «сын человека из Чистополя» или «выходец из Чистополя». Формант -ев, а не более частый -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный (Чистополь). Такая модель словообразования была продуктивной для купеческих и мещанских фамилий, когда переселенцы получали прозвище по месту прежнего жительства, которое затем закреплялось в документах.

Интересно, что Чистополь — город относительно молодой (статус города получил в 1781 году), поэтому фамилия Чистопольцев не могла возникнуть раньше середины — конца XVIII века. Это отличает её от многих фамилий, образованных от древних городов вроде Владимира или Рязани. Предки носителей фамилии, скорее всего, были не коренными жителями Чистополя, а пришлыми людьми, которые поселились там и затем переехали в другие места, сохранив память о городе в фамилии. Среди однокоренных вариантов встречается Чистопольский — такая форма характерна для дворянских или духовных фамилий, тогда как «Чистопольцев» имеет более демократичное, посадское происхождение.

Само название города — Чистополь — звучит прозрачно: «чистое поле», возможно, указывающее на открытую местность без леса. Но есть и версия, что это переосмысление тюркского названия местности, хотя документальных подтверждений этому нет. В любом случае, фамилия Чистопольцев не связана с личным качеством «чистоплотный» — это чисто топонимическая фамилия, и её носитель может с высокой вероятностью вести род из Поволжья, из купеческой или мещанской среды.