Фамилия Чистюнин образована от прозвища Чистюня, которое восходит к прилагательному «чистый». С другой стороны, такое прозвище могло указывать и на чистоту души, помыслов. Кроме того, не исключено, что прозвище Чистюня связано со словом «чистота». В северном Поволжье так называли франта, модника. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чистюня, со временем получил фамилию Чистюнин.