Фамилия Чистин образована от прозвища, а не от церковного имени, и её основа — прилагательное «чистый». Однако за этим простым словом стоит не одно, а несколько возможных значений, и выбрать единственное без знания конкретной семейной истории трудно.

Самый прямой смысл — опрятный, аккуратный человек. В крестьянской среде, где работа была связана с землёй, грязью, скотиной, прозвище Чистый могли дать либо за особую любовь к порядку, либо, наоборот, с долей иронии — чистюле, который брезговал чёрной работой. Но есть и другая версия, более глубокая: «чистый» могло означать «незапятнанный», «честный», то есть человек, не замешанный в тёмных делах, неподкупный.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чистин — буквально «сын Чистого» или «из семьи Чистого». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я или от прилагательных (ср. Белов, Добров). Менее вероятно, но возможно происхождение от нецерковного имени Чист, которое изредка давали в старину как пожелание или характеристику.

Стоит упомянуть и редкую, но правдоподобную профессиональную версию. В некоторых говорах «чистином» называли того, кто занимался чисткой — например, выгребал золу из печей, чистил дымоходы или конюшни. Такая работа была низкооплачиваемой и непрестижной, но прозвище могло закрепиться за родом ремесленников.

В ономастических справочниках фамилия Чистин не относится к числу широко распространённых. Она встречается в центральных областях России, а также в Поволжье. Однокоренные фамилии — Чистов, Чистяков — более частотны, но Чистин сохраняет более архаичную, «прямую» форму, без дополнительного суффикса -як- или -ов-.