Фамилия Чистых — редкий для русского уха случай, где прилагательное застыло в родительном падеже множественного числа. Если вы встречали фамилии Долгих, Черных, Седых, то механизм тот же: окончание -ых указывает на происхождение из семьи или рода Чистых. В старину это была форма ответа на вопрос «чей ты?» — «из Чистых», то есть из дома, где главу или всё семейство прозвали Чистым.

Прозвище Чистый могло относиться к разным сторонам жизни. В крестьянской среде так называли опрятного, аккуратного человека, который следил за собой и домом, — ценное качество в быту, где грязь была привычной. Но у слова был и переносный смысл: «чистый на руку» — честный, неподкупный, не замешанный в тёмных делах. Реже прозвище давали по занятию: например, тому, кто чистил колодцы, выгребные ямы или занимался уборкой на постоялом дворе.

В церковной традиции «чистыми» называли людей, соблюдающих пост и ритуальную чистоту, но в фамилию это переходило редко — скорее как мирское имя-оберег, чтобы злые силы обходили стороной. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Чистой, Чистый, но фамилия Чистых закрепилась в основном на Русском Севере и в центральных губерниях, где была распространена модель фамилий на -их/-ых.

По суффиксу можно определить, что фамилия сложилась не в дворянской среде (там преобладали -ов/-ев и -ский), а в простонародной, чаще всего среди крестьян или мещан. В советское время многие носители меняли фамилию на более «стандартную» — Чистов, Чистиков, — поэтому Чистых осталась относительно редкой. Сегодня её можно встретить в Пермском крае, Кировской области и на Урале, куда переселялись северные крестьяне.

Есть и другая, менее вероятная версия: что фамилия образована от названия деревни Чистые (такие были в Тверской и Смоленской губерниях). Тогда Чистых — это «выходец из Чистых». Но поскольку топоним сам по себе происходит от того же прозвища или прилагательного, суть не меняется: в основе лежит понятие чистоты, опрятности и порядочности.