Фамилия Чижиковский — один из тех случаев, когда модель образования почти сразу выдаёт географию и социальный слой предков. Суффикс -ский (в старой орфографии -ской) указывает на дворянское или шляхетское происхождение, а точнее — на прозвище или название поместья, от которого пошла фамилия. В польской, украинской и белорусской традиции такие фамилии чаще всего носили мелкопоместные дворяне, однодворцы или выходцы из казачьей старшины. Чижиковский — типичная «топонимическая» фамилия, то есть образованная от названия населённого пункта вроде Чижиково, Чижиков или Чижиковка. Таких деревень немало на территории современной Беларуси, западной Украины и восточной Польши, и именно оттуда, скорее всего, пошёл род.

Основа фамилии — прозвище Чижик. В русском и украинском языке чижиком называли не только маленькую птицу из семейства вьюрковых, но и человека невысокого роста, юркого или несерьёзного. В некоторых говорах «чижик» — это ещё и бродяга, нищий, что тоже могло стать прозвищем, хотя менее вероятно. Птичья фамилия не обязательно говорит о мягком характере: в старину прозвища давали по внешности или поведению, без попытки оскорбить. Чижик — вполне нейтральное, даже ласкательное прозвище, которое могло закрепиться за родоначальником.

Словообразовательная цепочка проста: Чижик → Чижиков (патроним или владельческое название) → Чижиковский (прилагательное с суффиксом принадлежности). Встречаются и параллельные формы: Чижиков, Чижик, Чижиковский — все они однокоренные, но различаются по способу образования. Чижиковский — самая «длинная» и формальная, что подтверждает её связь с землевладением или службой.

Если сравнивать с другими фамилиями на -ский, у Чижиковского нет сложной этимологии. Споров среди ономастов нет: все сходятся на птичьем прозвище в основе. Редкость фамилии объясняется тем, что она не попала в число массовых «дворянских» фамилий, которые разошлись по всей империи. Чижиковские — локальная фамилия, сосредоточенная в основном в западных губерниях Российской империи и на Волыни. Встречаемость низкая, что делает фамилию хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Чижиковский, корни почти наверняка ведут в белорусское или украинское Полесье.