Фамилия Чкунин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын или потомок Чкуни). Основа — Чкун(я). Это прозвище, и его значение напрямую связано с диалектным словом «чкать».

В русских говорах, особенно в северных и сибирских, глагол «чкать» означал «брызгать», «лить через край», «выпускать струю». Отсюда «чка» — брызги, грязь, вода. Соответственно, «чкун» или «чкуня» — это человек, который постоянно проливает, пачкается или возится с водой. В переносном смысле прозвище могли дать неаккуратному, неряшливому человеку или, наоборот, тому, кто работал с жидкостями (водовоз, бочар, работник на солениях или варке).

Версия с тюркским корнем маловероятна. В татарском и башкирском есть слово «чкын» (искра), но для фамилии с суффиксом -ин прижиться на русской почве такому корню было бы сложно, и звучание не типично. Гораздо правдоподобнее, что перед нами чисто русская диалектная фамилия, образованная от бытового прозвища по действию.

По модели образования Чкунин стоит в одном ряду с фамилиями Плюнин (от «плюнуть»), Харюнин (от «харя»), Соплинин. Все они строились по одному принципу: резкое, часто нелицеприятное прозвище + притяжательный суффикс. Носитель фамилии Чкунин — потомок человека, которого в деревне прозвали Чкуней за какую-то характерную черту, скорее всего связанную с водой или неопрятностью.

Географически фамилия встречается единично, преимущественно в центральной России и на Урале. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или посадская среда, где прозвища давали метко и без прикрас.