Фамилия Чкунина — женская форма фамилии Чкунин, и её происхождение, скорее всего, связано с неканоническим личным именем или прозвищем Чкун. Такое имя могло возникнуть от диалектного глагола «чкать» или «чкнуться» — в некоторых русских говорах это означало «ударять», «стукать», «бить». Соответственно, прозвище Чкун могли дать драчливому, задиристому человеку, который любил «чкнуться» с кем-то, то есть сцепиться в драке. В этом случае фамилия несёт яркую характеристику поведения предка.

Модель образования фамилии — типичная для русского Севера и центральных областей: основа на твёрдый согласный (Чкун) плюс суффикс принадлежности -ин. Суффикс указывает на то, что фамилия образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а, -я, либо на твёрдый согласный (в отличие от -ов/-ев для основ на -о или мягкий согласный). Таким образом, Чкунин буквально означало «сын Чкуна» или «человек из семьи Чкуна».

Существует и менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «чка» (уменьшительное от «чека» — деревянная затычка, клин). В этом случае прозвище Чкун могло относиться к плотнику или бондарю, который занимался изготовлением чек, либо к человеку с коренастой, «клиноподобной» фигурой. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «чка» встречается редко и преимущественно в технических контекстах, а не в бытовых прозвищах.

Фамилия Чкунин — редкая. В дореволюционных источниках и современных базах она фиксируется в основном в северных и вологодских землях, что совпадает с ареалом распространения фамилий на -ин, образованных от прозвищ с глагольной основой. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны как характерные для крестьянской среды, где прозвища часто отражали поведенческие черты или ремесло. Известных носителей фамилии Чкунин в истории почти нет — это типичная «малая» фамилия, которая не попала в дворянские родословные книги и не связана с известными родами, но сохранилась в народной среде.