Фамилия Чаунина образована от названия реки Чаун, протекающей между Якутской и Приморской областями. Согласно этому, можно предположить, что основатель рода Чауниных был выходцем с берегов этой реки. Река Чаун вытекает из северо-восточных отрогов Станового или Яблонового хребта и впадает в южный конец Чаунской губы Северно-Ледовитого океана несколькими рукавами. По берегам реки Чаун в старину кочевали племена чован («морские»), давшие название реке. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Чауна, со временем получил фамилию Чаунина.