Фамилия Чалунина — женская форма, а мужская, соответственно, Чалунин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Чалун. Слово «чалун» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, кем был первый носитель фамилии, нужно разобраться в контексте.

Самая вероятная версия связывает Чалуна с диалектным глаголом «чалить» — цеплять, привязывать, а также «чала» — верёвка, причал. В таком случае Чалуном могли называть человека, который занимался погрузкой или разгрузкой судов, работал на пристани — бурлака или лодочника. Это ремесленное прозвище, данное по занятию, вполне могло закрепиться за родом. Суффикс -ун в русских прозвищах часто указывал на деятеля: бегун, говорун, хвастун. Чалун — тот, кто «чалит», то есть привязывает лодки или тащит груз.

Менее распространённое, но возможное значение — «чалый» (о масти лошади: серый с примесью другой шерсти). В северных и сибирских говорах «чалун» могло быть прозвищем человека с сединой или неопределённым цветом волос. Однако эта версия слабее, так как слово «чалун» в значении «чалый» встречается реже, чем глагольная основа.

Фамилия Чалунин образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Чалунин, то есть сын Чалуна. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России. Встречается она нечасто, но имеет чёткую географическую привязку: корни, скорее всего, ведут в Вологодскую или Архангельскую губернию, где речное судоходство и бурлачество были основным промыслом. Таким образом, предки современных Чалуниных с высокой долей вероятности были людьми, связанными с рекой и тяжёлым трудом на воде.