Фамилия Чкушина — редкий пример, где при разборе сразу сталкиваешься с загадкой основы. В ней нет привычного славянского корня, который легко угадывается. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чкушина — «дочь (или жена) Чкуши». Значит, ключ к происхождению — мужская форма Чкуша, от которой и пошла фамилия.

Самое правдоподобное объяснение — связь с диалектным словом «чкуша» или «чкуша». В говорах русского Севера, особенно в архангельских и вологодских землях, так называли мелкую рыбу, чаще всего снетка или ряпушку. Прозвище Чкуша мог получить невысокий, юркий человек или же рыбак, промышлявший этой рыбой. Фонетически здесь прослеживается чередование: «щ» и «чк» в северных говорах часто менялись местами, так что не исключена связь с общеизвестным словом «щука», но в уменьшительно-пренебрежительной форме.

Версия о происхождении от тюркского «чкыш» (выход, побег) выглядит натянутой — фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов и не фиксируется в регионах с сильным татарским или башкирским влиянием. Скорее всего, Чкушина — коренная русская фамилия, закреплённая за северной традицией прозвищ от названий рыб.

Географически фамилия встречается точечно, в основном в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает диалектную версию. Носительница фамилии могла происходить из семьи рыбаков или крестьян, где прозвище предка закрепилось в документах при переписях. Других версий, например, от имени или профессии, не сохранилось — это тот случай, когда основа остаётся «тёмной» для городского уха, но прозрачна для местного говора.