Фамилия Чмакина — женская форма от Чмакин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Чмак. Основа здесь — звукоподражательное «чмак», которое в русских говорах означало звук поцелуя или чмоканья. Прозвище Чмак могли дать человеку с заметной манерой говорить, причмокивать, или же тому, кто любил целоваться. В некоторых диалектах «чмакать» значило также «есть с чавканьем», так что прозвище могло относиться к небрежному едоку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чмакин — «сын Чмака». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, и она встречается чаще, чем, скажем, притяжательные формы на -ов. Фамилия редкая и не имеет очевидной географической привязки к одному региону, но по данным современных баз носителей, она встречается в центральной России и Поволжье, с небольшими очагами в Воронежской и Нижегородской областях.

С точки зрения словообразования, фамилия Чмакина стоит в ряду с однокоренными Чмаков, Чмакалов, Чмыхалов. Все они восходят к той же звукоподражательной основе, но различаются суффиксами и позднейшими наслоениями. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется — это говорит о её позднем закреплении, вероятно, после отмены крепостного права, когда бывшие крестьяне массово получали фамилии по прозвищам.

Версия о тюркском происхождении (от «чмак» — «муха» в некоторых языках) маловероятна: фонетика и семантика не дают убедительной связи, а звукоподражательная версия объясняет всё проще и естественнее. Так что предки современных Чмакиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по бытовому прозвищу.