Фамилия Чоноева происходит от мужского имени Чоно, которое в свою очередь восходит к калмыцкому или монгольскому слову «чоно» — «волк». Это типичная для тюрко-монгольских народов традиция давать имя, связанное с сильным, опасным зверем: считалось, что такое имя передаёт ребёнку часть силы волка или, наоборот, обманывает злых духов. Носитель имени Чоно мог быть человеком смелым, решительным, либо его так назвали в качестве оберега.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев (фонетический вариант -ов после мягкой основы). К основе Чоно прибавили сначала притяжательный суффикс -ев, обозначающий принадлежность («чей?» — Чоноев сын), а затем к мужской форме Чоноев добавили женский окончание -а, получив Чоноева. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где русская патронимическая система смешалась с местными (калмыцкими, бурятскими) именами.

Географически фамилия Чоноева чаще всего встречается в Калмыкии, а также среди бурят и монгольских народов России. В русских документах такие фамилии начали фиксироваться в XIX веке, когда при крещении или приписке к сословиям местным жителям давали фамилии по отцу. Вероятно, предки Чоноевых были степными скотоводами или воинами, и имя Чоно указывало на их родовую черту или тотемное животное.

Интересно, что в отличие от многих русских фамилий на -ов/-ев, где основа — христианское имя, здесь мы видим чисто языческую, дохристианскую традицию имянаречения. Это делает фамилию Чоноева ярким примером того, как в России сохранились пласты нерусской ономастики, адаптированные под русскую грамматику.