Фамилия Чонкоева — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Основа фамилии — «Чонкой» — напрямую указывает на топоним. В Кыргызстане существует село Чонкой, и именно этот регион, скорее всего, является родиной носителей фамилии. Суффикс «-ев» (а не «-ов») здесь не случаен: он типичен для тюркских фамилий, образованных от географических названий, оканчивающихся на мягкий согласный или «й». Формально фамилия построена по русской модели притяжательного прилагательного («чей?» — Чонкоев), но корень в ней — местный.

Само слово «Чонкой» в тюркских языках (в частности, в киргизском) означает «большой аул» или «крупное селение»: «чон» — большой, «кой» — село, стоянка. Соответственно, Чонкоева — это «та, что из большого села». Фамилия указывает не на личное качество предка, а на его место жительства или происхождения. В дореволюционной Средней Азии такие фамилии часто давали при переходе на оседлость или при оформлении документов, когда человека записывали по названию его родного аила.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чонкаев, Чонкуров — показывает, что в основе почти всегда лежит именно топонимический, а не прозвищный след. Фамилия Чонкоева — женская форма; мужская — Чонкоев. Встречается она преимущественно в Кыргызстане и среди кыргызской диаспоры, реже — в соседних регионах Казахстана и России. Сословной принадлежности предков по такой фамилии не определить: она не дворянская и не крестьянская в привычном русском понимании, а скорее отражает переход от родового имени к фамильному, характерный для народов Средней Азии в XX веке.