Фамилия Чонина — пример редкой модели, где основа и суффикс вступают в неожиданное сочетание. На первый взгляд, она похожа на стандартную русскую фамилию с суффиксом -ин (чей? — Чонин). Но основа «Чон» в русском языке не встречается ни как имя, ни как прозвище. Это сразу указывает на иноязычное происхождение.

Скорее всего, Чонина — это русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии. В языках народов Поволжья и Кавказа распространены основы «Чон» (от тюркского «чон» — «большой, великий») или «Чони» (как краткая форма имени, например, Чонидин). Когда такие фамилии попадали в русскую среду, их адаптировали по модели притяжательных прилагательных: к основе добавляли -ин, а окончание меняли на -а для женского варианта. Таким образом, мужская форма фамилии — Чонин.

Есть и другая версия, менее вероятная: связь с диалектным русским словом «чон» (или «чоный»). В некоторых говорах так называли человека с причудами, чудака, но эта основа почти не фиксируется в ономастических словарях. Спор решается просто: если бы фамилия была исконно русской, её носители встречались бы в старых писцовых книгах центральной России. Однако Чонины — фамилия редкая, географически тяготеющая к южным регионам и Уралу, где веками шло смешение с тюркскими народами.

Главное, что можно сказать с уверенностью: предки носителей фамилии Чонина вряд ли были дворянами или крестьянами из центральных губерний. Скорее всего, они происходили из среды, где контактировали русские и тюркские языки — например, из служилых татар, казаков или переселенцев с юга. Фамилия сохранила память о прозвище или имени, которое в русской записи превратилось в «Чоня», а затем — в Чонин.