Фамилия Чорнодон — редкий случай, когда основа читается как прозрачное сложное слово: «чорно» (чёрный) и «дон» (река). На первый взгляд, это прозвище человека, жившего у тёмной, мутной или торфяной реки. Такие названия нередко давали водоёмам со стоячей, тёмной водой или с густыми лесами по берегам. В украинской и польской топонимике встречаются гидронимы Черный Дон, Чорний Дон, от которых могли образовать прозвание по месту жительства. Однако в фамилии нет типичного суффикса принадлежности (-ский/-цкий), который указывал бы на дворянское происхождение от имения. Скорее всего, Чорнодон — это уличное прозвище, закрепившееся за человеком без изменений.

Форма фамилии — «чистая», без патронимического окончания. Это характерно для украинских и белорусских прозвищных фамилий, которые не склонялись по модели «чей?» (как в русских -ов/-ев). Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Чернодонов. Сохранение «чорно» вместо «черно» (с «о» под ударением) прямо указывает на южнорусские или украинские говоры. В польском языке аналог — Czarnodon, но там ударение падало бы на второй слог.

Возможна и вторая, менее очевидная версия: прозвище могли дать человеку, который носил чёрную одежду или имел тёмные волосы, а «дон» в этом случае — не река, а искажённое «доня» (в диалектах — младший, любимчик, или же часть имени Донат). Но это спорно: сочетание «чорный дон» как «чёрный любимец» выглядит искусственным и не подтверждается источниками. Гидронимическая версия надёжнее, так как в основе лежит реальный географический объект.

Фамилия Чорнодон не фиксируется в боярских или дворянских родословных книгах. Её носители — вероятно, выходцы из крестьян или казаков Черниговщины, Полтавщины или Слобожанщины, где реки с названием Дон (или Донец) были распространены. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: прозвище закрепилось за одной семьёй или несколькими родственными родами в конкретном селе. В современной России и Украине фамилия Чорнодон остаётся штучной, и её носители, скорее всего, потомки тех, кто жил у «чёрного Дона».