Фамилия Чотанов — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычная основа. В русских фамилиях часто встречаются корни, связанные с животными, ремёслами или внешностью, но «чотан» — слово, которое в литературном языке не закрепилось. Чтобы понять происхождение, нужно заглянуть в диалекты и соседние языки.

Вероятнее всего, фамилия восходит к тюркскому или кавказскому корню. В тюркских языках (например, в казахском, татарском, башкирском) слово «чотан» или близкие к нему формы могут означать «большой», «крупный», «толстый» либо быть вариантом прозвища, данного человеку за дородность или силу. В некоторых говорах «чотан» — это пастуший посох или кнут, что указывает на занятие предка: пастух, скотовод. Есть и версия, связывающая фамилию с этнонимом — так могли называть выходца из определённого рода или местности, например, из чатов (одно из племён в составе хакасов).

Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель образования фамилий: от прозвища или имени отца. Чотанов — буквально «сын Чотана». Если основа действительно тюркская, то фамилия могла возникнуть в среде русских крестьян, контактировавших с тюркоязычными соседями, либо у обрусевших татар, башкир, чувашей. Географически фамилия встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — там, где исторически смешивались славянские и тюркские народы.

Менее правдоподобная, но возможная версия — связь с диалектным русским глаголом «чотать» (кое-где означало «шатать», «качать»). В этом случае прозвище Чотан могли дать неуклюжему или нетвёрдому на ногу человеку. Однако тюркское происхождение выглядит убедительнее: в русских говорах такой глагол редок и локально ограничен, а тюркские корни в фамилиях — массовое явление.

Фамилия Чотанов — нечастая, в списках частотных русских фамилий она не фигурирует. Это значит, что её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных семей, сохранивших память о предке-Чотане. По сословной принадлежности предки могли быть государственными крестьянами, казаками или мещанами — точных данных нет, но сама модель фамилии (на -ов) типична для непривилегированных слоёв России XVIII–XIX веков.