Фамилия Чоткараева происходит от мужского имени Чоткарай. Разбираем её по составу: корень «чот-» (или «чотка-»), суффикс принадлежности «-ев» и окончание, указывающее на женский род («-а»). Модель образования типична для тюркских фамилий, русифицированных через добавление русского патронимического суффикса: к имени отца (Чоткарай) прибавили «-ев», получив фамилию «Чоткараев», а женский вариант — «Чоткараева».

Имя Чоткарай — составное, тюркского происхождения. Первая часть «чот» восходит к слову «чот» или «шот» (в разных диалектах), что означает «счёт», «число», а в переносном смысле — «почёт», «уважение». Вторая часть «карай» или «кара» — «взгляд», «смотрение», либо «чёрный», «сильный». Таким образом, имя может трактоваться как «почётный взгляд» или «уважаемый, на которого обращают внимание». В ономастических работах по тюркским именам (например, в словарях личных имён народов Средней Азии) встречаются похожие конструкции, где «чот» указывает на высокий статус или счётность (богатство, измеряемое скотом).

Географически фамилия Чоткараева наиболее вероятно связана с регионами Средней Азии, где распространены тюркские языки (казахский, киргизский, каракалпакский). Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: предки, вероятно, жили в одном ауле или роде, и фамилия закрепилась за небольшой группой семей. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии фиксировались у кочевых и полукочевых народов при переходе к оседлости и получении паспортов, когда имя отца становилось наследственным.

Социальный слой предков — скорее всего, рядовые скотоводы или земледельцы, без выраженной сословной привилегии. Имя Чоткарай не относится к титульным или знатным (как, скажем, «хан» или «бек»), а значит, фамилия не указывает на аристократическое происхождение. Это бытовое, «прозвищное» имя, которое давали ребёнку, желая ему уважения в общине.

Единственное, что можно добавить: написание фамилии через «о» (Чоткараева) — русская адаптация. В оригинале, на тюркском, имя могло звучать как «Чоткарай» или «Шоткарай», с мягким «ч» или «ш», что при записи в метриках искажалось.