Фамилия Човнюк — яркий пример украинской модели фамилии, которая образована не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с внешностью или манерой поведения. Её основа — слово «човен» (укр. «лодка», «челн»), но прямой связи с лодочным промыслом здесь нет. В украинских говорах «човник» или «човен» могло быть прозвищем человека с характерной походкой (вразвалку, будто на волнах), либо того, кто постоянно суетится, «плавает» в делах. Суффикс -юк (вариант -ук) типичен для западных и центральных регионов Украины: Волыни, Подолья, Полесья. Он указывал на принадлежность к роду или на молодого человека, сына Човна.

Встречается и менее очевидная версия: от диалектного «човгати» (шаркать, волочить ноги). В этом случае Човнюк — потомок человека, который ходил шаркающей походкой. Слово «човгати» дало и другие фамилии (Човган, Човгалюк), что делает эту этимологию правдоподобной. Окончание -юк в украинской ономастике часто заменяло русское -ов или польское -ский, поэтому Човнюк — не «сын лодки», а «сын (или внук) того, кого звали Човен».

Географически фамилия тяготеет к западной Украине, особенно к Волынской и Ровенской областям. В дореволюционных метриках Човнюки записаны в основном как крестьяне-землепашцы, хотя прозвище могло закрепиться за человеком, жившим у реки или занимавшимся переправой. Встречаются единичные случаи перехода фамилии в польскую форму «Човнюк» с тем же корнем, но с иной орфографией.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Човненко, Човнир, Човган) показывает, что Човнюк — одна из самых компактных форм, где суффикс работает на сокращение. В отличие от русских фамилий на -ов, украинский -юк сохраняет звучание прозвища почти без изменений. Сегодня фамилия редкая, за пределами Украины встречается у потомков эмигрантов в Канаде и Аргентине, где её носители часто уже не помнят исходного значения.