Фамилия Чойдаров образована от тюркского прозвища и распространена в среде народов, испытавших влияние тюркских языков, — прежде всего у бурят, калмыков, а также у сибирских татар и южных алтайцев. В основе лежит слово «чойдор» или «чойдар» — в монгольских языках так называют медный чайник, кувшин для чая или воды. Соответственно, прозвище Чойдар мог получить медник, лудильщик или просто человек, торговавший такой посудой. Русский суффикс -ов добавился при оформлении фамилии в официальных документах (в метриках, ревизских сказках), что типично для XIX — начала XX века, когда кочевое и полукочевое население получало фамилии по отцу или роду.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с тибетским словом «чойдор» (chos rdo — «камень закона» или «религиозный камень»), которое могло стать именем буддийского ламы или монаха. В бурятской среде такие имена не редкость, но фамилия Чойдаров скорее бытовая, бытовая: прозвище по ремеслу встречается чаще, чем по духовному сану.

Географически фамилия встречается в Бурятии, Забайкальском крае, Иркутской области, а также в Калмыкии. Носители Чойдаровых — потомки скотоводов, охотников или ремесленников, перешедших к оседлости. Фамилия не относится к числу старых дворянских или купеческих, она «народная», крестьянская, что видно по простой прозвищной основе. Встречается и вариант написания Чойдаров — с одной буквой «о» в середине, хотя в исходном слове «чойдор» два «о» стоят последовательно.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Чайников, Кувшинов, Чойдоров, то Чойдаров сохраняет более точную привязку к региону и языку-источнику. В русских говорах чайник называли «чайник», «чайничек», но «чойдор» — слово иноязычное, и фамилия выдает не столько профессию, сколько этническую среду, в которой она возникла.