Фамилия Чубукчиди резко выделяется на фоне привычных русских фамилий, и первое, что бросается в глаза, — её финал. Суффикс -иди (или -ди) — верный признак греческого происхождения, причём не просто греческого, а понтийского, то есть из региона Причерноморья (исторический Понт, ныне территория Турции). В греческой ономастике -иди означает «сын» или «потомок», аналогично русскому -ов/-ев. Таким образом, Чубукчиди — это «сын Чубукчи» или «из рода Чубукчи».

Основа фамилии — тюркское слово «чубук» (çubuk). В османском и крымскотатарском языках чубук — это тонкая палка, прут, а также чубук для курения (трубка). В русском языке слово закрепилось именно в значении «полый стержень курительной трубки». Соответственно, «чубукчи» (çubukçu) — это человек, который делает чубуки, торгует ими или, шире, мастер по изготовлению курительных трубок. Это ремесленное прозвище, которое в тюркоязычной среде легко становилось фамилией.

Интересна география бытования. Фамилия Чубукчиди не встречается в России повсеместно; её ареал — Краснодарский край, Ростовская область, Ставрополье. Это регионы, куда в XIX — начале XX века переселились понтийские греки из Османской империи, спасаясь от гонений. Они принесли с собой не только язык и обычаи, но и фамилии, образованные по греческой модели от тюркских корней. Чубукчиди — типичный пример такого гибрида: тюркская основа + греческий суффикс.

Бытовое прозвище «чубукчи» могло прикрепиться к предку-ремесленнику, который либо изготавливал курительные принадлежности, либо, что вероятнее в условиях восточного базара, торговал ими. В многолюдных торговых городах Понта (Трапезунд, Самсун) прозвища по роду занятий были самым естественным способом идентификации человека. Среди понтийских греков встречаются и другие фамилии с тем же корнем: Чубуков, Чубуклу, но именно форма -иди однозначно указывает на греческое происхождение рода.

В отличие от многих русских фамилий, которые могут иметь несколько версий происхождения, у Чубукчиди версия одна, и она надёжна. Спор может идти лишь о том, какой именно товар или действие имелось в виду: «чубук» могло быть и прозвищем долговязого, худого человека (по ассоциации с палкой), но в сочетании с ремесленным суффиксом -чи («тот, кто делает») значение «мастер по чубукам» остаётся самым прямым и правдоподобным.