Фамилия Чубукчи — редкий случай в русском ономастиконе: она образована не от славянского корня, а от тюркского слова, обозначающего профессию или ремесло. Основа здесь — «чубук» (турецк. çubuk, крымскотат. çubuq), что означает «прут», «трость», «стебель», а также «трубка для курения» (чубук — полая трубка, соединяющая мундштук с чашей кальяна или курительной трубки). Суффикс «-чи» (реже «-джи», «-чы») в тюркских языках — типичный аффикс деятеля, аналог русского «-щик» или «-арь». Таким образом, Чубукчи — это «мастер, изготавливающий чубуки» или «торговец чубуками».

Фамилия относится к группе так называемых «профессиональных» прозвищ, которые в XIX — начале XX века нередко закреплялись за выходцами из татарских, башкирских, турецких или крымских общин, живших на территории Российской империи. Носитель фамилии Чубукчи, скорее всего, был ремесленником, специализировавшимся на производстве курительных трубок и их деталей. В Поволжье, Крыму и на Кавказе чубуки делали из дерева (вишни, груши, кизила) или из глины, и спрос на них был устойчивым — курение табака и кальяна было широко распространено.

Поскольку фамилия не славянская, она не получила типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Чубукчи — это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть оставленная в исходной тюркской форме. В русских документах её могли записывать с колебаниями: Чубукчи, Чубукджи, Чубукчы. Такие фамилии встречаются в основном у татар, башкир, а также у потомков крымских ремесленников, переселившихся в центральные губернии после присоединения Крыма к России.

В отличие от фамилий Чубуков или Чубукин, которые образованы от того же корня, но уже по русской модели (с помощью суффикса принадлежности), Чубукчи сохраняет прямую связь с тюркским ремесленным термином. Это делает её ценной для этимологов: она не обросла дополнительными значениями и напрямую указывает на занятие предка.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Чубукчи встречается преимущественно в Казанской, Симбирской и Таврической губерниях. В современной России её носители сосредоточены в Татарстане, Башкортостане и в Крыму. Встречается она и у турок-месхетинцев, переселившихся в СССР в 1940-х годах.