Фамилия Чубуткины — редкий пример, где разбор упирается не в очевидное прозвище, а в диалектное или искажённое слово. Основа «чубут» не встречается в литературном русском языке, но отчётливо слышится в тюркских языках. Самая прямая версия: от тюркского «чубут» — вариант «чубук» (прут, ветка, а также деталь конской сбруи, кнут). В тюркских диалектах «чубут» могло означать «погонщик», «возница» или человека, который делает кнуты и плётки. Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Чубут → притяжательное прилагательное Чубуткин (чей? — сын Чубута) → фамилия во множественном числе Чубуткины (род, семья).

Суффикс -ин указывает на принадлежность первому носителю, а окончание -ы (вместо более частого -ы) — на форму множественного числа, которой в документах часто обозначали целую семью или династию. Встречается написание через «о» — Чубуткины, но это уже вторичная русификация, когда безударный гласный «а» подравняли под привычное «о».

Географически фамилия привязана к южнорусским и поволжским регионам, где было сильное тюркское влияние. В переписях XIX века Чубуткины фиксировались в Саратовской и Астраханской губерниях — зонах активных контактов с татарами, казахами и ногайцами. Это косвенно подтверждает, что прозвище дали человеку, который либо занимался перевозками (погонщик, ямщик), либо имел характерную внешность или манеру, которую сравнили с «чубут» — гибкий, тонкий, резкий.

Менее правдоподобная версия связывает «чубут» с диалектным «чуб» (прядь волос, хохол). Тогда Чубуткин — обладатель заметного чуба. Но слово «чубут» не зафиксировано в русских говорах в значении «чуб», а суффикс -ут для русских прозвищ нехарактерен, тогда как тюркское происхождение объясняет и звучание, и ареал.

В дворянских родословных книгах фамилия не значится. По сословной принадлежности Чубуткины — почти наверняка крестьяне или однодворцы (государственные крестьяне южных окраин). Никаких громких исторических персонажей с этой фамилией не известно, что типично для прозвищной фамилии, возникшей в низовой среде и не попавшей в столичные архивы.