Фамилия Чудненкова — женская форма мужской фамилии Чудненков. В основе лежит прозвище или мирское имя Чудня, Чудной. На первый взгляд кажется, что корень «чуд-» связан с чудом или чудачеством, но в ономастике всё сложнее.

Слово «чудной» в старорусских говорах означало не только «странный», но и «особенный», «дивный», а иногда — «склонный к чудачествам». Прозвище Чудня мог получить человек с необычным поведением, либо тот, кого считали «не от мира сего». Однако есть и более приземлённая версия: в некоторых диалектах «чудня» — это тот, кто «чудит», то есть балагурит, веселит народ. В таком случае фамилия несёт положительный оттенок — предок мог быть шутом, скоморохом или просто весёлым человеком.

Суффикс «-енк-» (в форме Чудненков) указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение. Модель на «-енко» типична для украинской антропонимии, но в русском варианте фамилия получила типичный русский суффикс «-ов». Таким образом, Чудненков — это обрусевшая форма украинской фамилии Чудненко, где «-енко» означало «сын Чудни» или «потомок Чудни». Встречается фамилия преимущественно в южных регионах России, а также в Белгородской и Курской областях, где исторически сильны украинские говоры.

Интересно, что фамилия Чудненкова — редкая. В официальных списках она почти не фигурирует, что говорит о локальном бытовании. Возможно, предки носителей жили в одном селе или хуторе, и фамилия не получила широкого распространения. В отличие от более частых Чудовых или Чудиновых, Чудненкова сохранила более архаичную форму с суффиксом, который сейчас почти не используется для образования новых фамилий.