Фамилия Чудочкин — наглядный пример того, как суффикс может рассказать о происхождении семьи больше, чем корень. Модель на -ин указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя, заканчивающееся на -а/-я: Чудочка. Суффикс -к- в этом случае имеет уменьшительно-ласкательное или уничижительное значение, то есть Чудочка — это «маленькое чудо» или «чудачок» в ироничном смысле. Скорее всего, так называли необычного, странноватого человека, чудака, который выделялся поведением или внешностью. Фамилии с таким суффиксом часто возникали в северных и центральных губерниях России, где прозвищные формы на -ка были особенно распространены.

Корень чуд- отсылает к общеславянскому слову «чудо» (в древности — «диво», «нечто необычное»). В русских говорах «чудо» и «чудак» были синонимами: чудаком называли не столько глупца, сколько человека с причудами, не как все. Прозвище Чудочка мог получить либо ребенок с необычной внешностью (например, с родимым пятном или светлыми волосами в темноволосой семье), либо взрослый, чьи поступки вызывали удивление. Альтернативная версия — от имени Чудо, редкого некалендарного имени, которое давали как оберег: считалось, что такое имя защитит от сглаза, ведь «чудо» — нечто сверхъестественное.

В документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Основной ареал — Поволжье и Урал, где в XVII–XIX веках активно записывали прозвища в фамилии. Например, в переписях Нижегородской губернии встречаются Чудочкины из крестьян и мещан. В отличие от фамилий на -ов, которые могли давать по отцу (Чудок → Чудоков), форма Чудочкин сохранила именно прозвищный оттенок: предка звали Чудочка, и это закрепилось в роду.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чудаков, Чудинов, Чуднов — показывает, что Чудочкин стоит особняком. Чудаков образовано от «чудак» напрямую, без уменьшительного суффикса, а Чудочкин — более личное, «домашнее» прозвище. Так что носитель этой фамилии может быть уверен: его предок был человеком, которого в деревне помнили как «того самого чудачка», и прозвище это не носило оскорбительного оттенка, скорее — удивлённого признания.