Фамилия Чуфанова — женская форма от мужской фамилии Чуфанов. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образуются от основ, оканчивающихся на согласный или -о. В данном случае основа «Чуфан» с суффиксом -ов даёт Чуфанов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Чуфа́нов/Чуфа́нова, хотя в говорах возможны варианты.

Происхождение основы «Чуфан» — неочевидное, и здесь есть две основные версии, обе вполне рабочие. Первая: прозвище Чуфан могло быть образовано от диалектного слова «чуфа» или «чуфан». В северных и сибирских говорах «чуфа» — это хохол, чуб, вихор, а также неопрятный, лохматый человек. Соответственно, Чуфаном могли прозвать человека с торчащими волосами или неряшливого. Вторая, более редкая версия: Чуфан — это вариант имени или прозвища, связанного с тюркскими корнями, где «чуфан» могло означать «пастух» (от тюркского «чобан», «чупан»). В пользу этой версии говорит то, что на юге России и в Поволжье, где были сильны тюркские влияния, встречаются фамилии Чупанов, Чубанов, а Чуфанов могло быть фонетическим вариантом.

Модель образования фамилии типична для русских крестьянских и мещанских фамилий XVI–XVII веков. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Чуфана» или «из дома Чуфана». Сословно фамилия Чуфанова не элитарная — её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — посадскими людьми. Географически фамилия больше распространена в центральных и северных областях России (Вологодская, Архангельская, Кировская области), что косвенно подтверждает версию о диалектном русском прозвище, а не о тюркском заимствовании.

В ономастических справочниках фамилия Чуфанов не относится к числу широко исследованных, но её разбор укладывается в общую модель, описанную Б. Унбегауном для фамилий от прозвищ на -ан. В отличие от фамилий Чупанов или Чубанов, написание через «ф» может указывать на северное «цоканье» или на влияние местного говора, где звук «п» переходил в «ф» (так называемое «ф» вставное). Таким образом, Чуфанова — фамилия с прозрачной, хоть и не единственной, этимологией, за которой стоит конкретная, возможно, утраченная черта характера или внешности предка.