Фамилия Чукчина — женская форма фамилии Чукчин, и её разбор стоит начать с суффикса. В основе лежит модель «-ин/-ын», которая в русской ономастике указывает на принадлежность: Чукчин означает «сын Чукчи» или «человек из семьи Чукчи». Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где отчества и прозвища на «-ин» образовывали фамилии крестьян и мещан.

Корень «чукч-» вызывает два основных объяснения. Первое и самое прямое — от этнонима «чукча». В XVI–XVII веках, когда русские осваивали Сибирь и Дальний Восток, прозвище Чукча могли дать либо человеку, торговавшему с чукчами, либо тому, кто внешне или поведением напоминал этот народ. Однако такое прозвище не обязательно означало этническое происхождение — в старых переписных книгах встречаются «чукчи» среди русских крестьян, получивших это имя за суровый нрав или замкнутость.

Второе объяснение — от уменьшительной формы имени Чукан или Чуха. В старых русских говорах «чук» или «чука» могло быть диалектным прозвищем для человека с необычной походкой (от глагола «чукать» — стучать, цокать). Но эта версия менее убедительна: в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) зафиксированы фамилии Чукчин и Чукчинов именно в связи с этнонимом, а не с диалектными корнями.

Географически фамилия Чукчина тяготеет к Поволжью и Уралу. В архивных записях XIX века чаще всего встречается в Казанской и Вятской губерниях, а также среди старообрядцев, которые селились в глухих лесах и нередко носили прозвища по «инородцам» — татарам, чувашам, чукчам. Мужская форма Чукчин встречается реже, чем женская, что может говорить о том, что в некоторых семьях фамилия закрепилась в женском роде из-за особенностей местного говора или документооборота.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чукин, Чуков, Чухин — показывает, что все они образованы от разных корней. Чукчина стоит особняком: если Чукин чаще всего восходит к имени Чука (от «чучка» — собака), то Чукчина прямо указывает на прозвище по национальности или характеру. В отличие от фамилии Чукчинов, где суффикс «-ов» указывает на более позднее образование, Чукчин — архаичная форма, сохранившаяся с допетровских времён.