Фамилия Чукчин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её ядро — основа Чукч- — сразу наводит на мысль об этнониме «чукча», но здесь нужна осторожность: фамилии напрямую от названий народов в русской традиции возникали редко и обычно поздно, в основном у духовенства (по месту службы). Для крестьянской или мещанской среды XVIII–XIX веков такое прозвище маловероятно — чукчи были слишком далёким и экзотическим народом для центральной России. Поэтому версия о происхождении от этнонима хоть и лежит на поверхности, но исторически слаба.

Гораздо надёжнее разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чукчин буквально значит «сын Чукчи» или «человек из рода Чукчи». Но что такое «Чукча» в этом случае? Скорее всего, это не народ, а личное прозвище или нецерковное имя. В старых русских говорах слово «чукча» могло означать «чудак», «человек со странностями», «нелюдим» — от глагола «чудить» или «чухаться» (медлить, быть нерасторопным). Такие прозвища по поведению были обычны: Чудак, Чудин, Чухна. Чукча — та же модель, но с характерным для северных и сибирских говоров окончанием.

Есть и другая, более конкретная версия. В архангельских и вологодских говорах «чукча» — это вид рыбы (мелкий сиг или ряпушка). Рыбак, промышлявший этой рыбой, мог получить прозвище Чукча. Тогда Чукчин — «внук или сын рыбака Чукчи». Эта версия подкрепляется географией: фамилия Чукчин встречается в основном на Русском Севере и в Сибири, куда переселялись поморы.

Таким образом, перед нами отпрозвищная фамилия на -ин, образованная от прозвища Чукча. Первый носитель мог быть нелюдимым человеком или рыбаком, ловившим чукчу. Этническая версия маловероятна, хотя полностью исключать её нельзя — если предок долго жил в Сибири и получил прозвище от местных. Но в большинстве случаев корень лежит в диалектной лексике русского языка.