Фамилия Чуковин на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении открывает несколько возможных путей происхождения. Основная сложность — в корне «чук-». Самая распространённая версия связывает фамилию с диалектным словом «чук» или «чука». В русских говорах «чукой» называли человека с причудами, чудаковатого, нелюдимого. А «чукать» в некоторых регионах означало «стучать», «колотить» или даже «издавать невнятные звуки». Таким образом, Чуковин мог быть потомком человека, которого в деревне прозвали за странное поведение или за манеру говорить.

Менее очевидная, но вполне реальная версия отсылает к топонимике. Существует гидроним Чуковин — название ручья или речки, которое встречается в документах по Архангельской и Вологодской губерниям. В этом случае фамилия могла образоваться от названия места жительства: крестьянин, поселившийся на берегу Чуковина, получал прозвище Чуковин, которое затем закрепилось за его родом.

Формант «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «Чуковин», то есть сын Чукова. Сама же основа «Чуков» — это краткая форма от прозвища Чук или Чуко. В ономастике есть и параллель с фамилией Чуков, которая широко известна благодаря Корнею Чуковскому, хотя его настоящая фамилия была Корнейчуков. Сравнение с однокоренными фамилиями (Чуков, Чукин, Чуковский) показывает, что Чуковин — редкая форма, закрепившаяся, скорее всего, в северных и северо-восточных регионах России, где суффиксальная модель на «-ин» была особенно активна. Спорная версия, связывающая фамилию с тюркским «чук» (обилие, много) или с финно-угорскими корнями, не находит серьёзной поддержки в источниках — слишком далека семантика и география бытования фамилии.