Фамилия Чухлатенко звучит нарочито украински — суффикс -енко выдает принадлежность к восточнославянской модели, которая в XVI–XVII веках закрепилась на землях Гетманщины и Слобожанщины. Такие фамилии образовывали от прозвищ, реже от названий ремесел или местности, и означали «сын такого-то» или «потомок того, кого звали…». В основе Чухлатенко лежит прозвище Чухлатый (или Чухлат), а оно, в свою очередь, связано со словом «чухла» — так в южных и западных говорах называли вихор, клок волос, торчащую прядь, а также неопрятно одетого человека, неряху. Сравните: «чухлатый» — лохматый, взлохмаченный, всклокоченный. Прозвище могли дать человеку с непослушными волосами или тому, кто ходил в растрепанной одежде.

Слово «чухла» имеет несколько родственных параллелей. В польском czuchła — «лохмотья, рубище», в чешском čuchat — «трепать, теребить». Украинские диалекты тоже хранят «чухла» в значении «космы» или «изношенная одежда». Вполне вероятно, что прозвище Чухлатый носило не столько уничижительный, сколько бытовой характер: так могли окликнуть крестьянина, который не следил за прической или работал в поле в старой свитке. Со временем прозвище перешло на детей: сына Чухлатого стали звать Чухлатенко — буквально «Чухлатович».

Украинский суффикс -енко в этой фамилии указывает на позднее оформление, скорее всего, не раньше конца XVII века. В реестрах Запорожского войска и переписных книгах Левобережья фамилии на -енко в XVIII веке уже массово фиксировали. Чухлатенко — не самая частая фамилия, но она встречается в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской. В России, куда фамилия попала с миграцией малороссийского крестьянства и казачества, она тоже есть, но в основном в южных регионах.

Если отбросить версию с «чухлой», существует и другая, менее правдоподобная: связь с этнонимом «чухна» (пренебрежительное название финно-угорских народов, в частности ингерманландцев). Но тогда фамилия звучала бы как Чухоненко или Чухнин. Суффикс -ат- в основе (Чухлат-) прямо указывает на признак, а не на происхождение из чужого племени. Так что прозвище по внешности — самое надежное объяснение.