Фамилия Чунтонов — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию из‑за своей неочевидной формы. Если отбросить типичный русский суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Чунтонов), остаётся корень чунтон-, который в современном русском языке ничего не значит. Это первый намёк на то, что перед нами не исконно русское слово, а адаптированное иноязычное прозвище или имя.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них основа «чун» или «чон» означает «большой», «многочисленный», а в некоторых диалектах — «истинный». Формант -тон мог быть уменьшительным или принадлежностным аффиксом. Таким образом, прозвище Чунтон мог получить крупный, дородный человек или, наоборот, старший в роду. В пользу тюркского происхождения говорит и географическая привязка: фамилия встречается в Поволжье и на Урале — регионах многовекового контакта русских с татарами, башкирами и чувашами.

Менее убедительная, но возможная гипотеза — связь с диалектным словом «чунька» (так в некоторых говорах называли валенок или грубую обувь). В этом случае Чунтон мог быть прозвищем валяльщика или просто человека, носившего такую обувь. Однако слово «чунтонов» не образует стандартной модели от «чунька» (было бы Чунькин или Чуньков), поэтому эта версия слабее.

Встречаются также единичные случаи, когда фамилия писалась через «а» — Чунтанов. Это может указывать на вариант с другим ударением или на диалектное «аканье», характерное для южнорусских говоров. Но основной массив носителей сосредоточен именно в варианте Чунтонов.

Сословной принадлежности предков определить по одной фамилии невозможно. Чунтоновы могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — суффикс -ов не даёт подсказки о социальном статусе, он лишь стандартный русский патроним. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия эта редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного корня, разошедшегося по разным губерниям не ранее XVII–XVIII веков, когда крестьянам начали массово давать фамилии.