Фамилия Чупчугов — редкая и неочевидная. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычную логику «Иван → Иванов». Здесь мы имеем дело не с крестильным именем, а скорее всего, с прозвищем, образованным по тюркской или монгольской модели.

Основа фамилии — «чупчуг». В тюркских языках, особенно в сибирско-татарских и алтайских наречиях, слово «чупчук» или «чыпчык» означает «воробей», «птичка» или, в переносном смысле, «маленький, юркий человек». Фонетический переход «к» в «г» на конце (Чупчуг) — характерная черта русской адаптации тюркских слов: при склонении и образовании фамилий глухой звук озвончается. Таким образом, Чупчугов — буквально «сын (потомок) Воробья».

Суффикс «-ов» указывает на русскую патронимическую модель, которая «наложилась» на тюркское прозвище. Это значит, что предок носителя фамилии не был русским по происхождению, а получил прозвище в русскоязычной среде, либо его фамилию оформили по русскому образцу при переписях. Вероятный ареал возникновения — юг Сибири, Алтай, Башкирия или Поволжье, где русские и тюркские народы жили вперемешку.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным русским словом «чупчуга» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, нерасторопного человека или, наоборот, егозу и непоседу. Однако тюркская этимология выглядит убедительнее, поскольку фамилия встречается в основном в регионах с сильным тюркским субстратом.

Однокоренных фамилий практически нет. Встречаются единичные варианты Чупчуков, Чупчутов, но Чупчугов — самая устойчивая форма. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем письменном закреплении (вероятно, в XIX веке) и малочисленности рода. Искать предков стоит в архивах Томской, Тобольской или Оренбургской губерний.