Фамилия Чупышева — женская форма фамилии Чупышев, а та, в свою очередь, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса принадлежности -ев. Суффикс указывает на то, что родоначальник (Чупыш) был чьим-то сыном или человеком, зависимым от носителя прозвища. В основе лежит слово «чупыш» — слово редкое, диалектное, и именно в его толковании кроется главная загадка фамилии.

Наиболее вероятная версия связывает «чупыша» с северными и уральскими говорами, где «чупыш» — это маленький, невзрачный человек, почти то же, что «чупок» или «чупырка» (нечто мелкое, торчащее). В словаре Владимира Даля «чупыш» упоминается в значении «гребень, чуб, хохол» (от «чупкать» — драть за волосы). Таким образом, прозвище Чупыш могли дать человеку с непослушным вихром, либо, в переносном смысле, — задиристому, «чубатому» парню. Вторая, менее распространённая версия, выводит основу из тюркских языков: «чуб» (верхушка) или «чуп» (сор, труха), что также описывает внешний признак или небрежность в одежде.

География фамилии Чупышев (и Чупышева) довольно узкая. Основной ареал — Пермский край и Удмуртия, встречаются носители в Кировской и Свердловской областях. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде севернорусского населения, осваивавшего Прикамье и Вятку. В этих краях «чупыш» могло быть не только прозвищем, но и местным словом для обозначения маленького лесного духа или домового — в таком случае фамилия отражала бы суеверное отношение предка, который мог получить прозвище за сходство с мифологическим персонажем (например, за маленький рост или лохматость).

С точки зрения словообразования, фамилия Чупышева стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Чупов, Чубарев, Чуприн. Однако суффикс -ыш придаёт основе оттенок уменьшительности или пренебрежения, что типично для прозвищ, а не для крестильных имён. Сословной принадлежности предка по фамилии не определить: прозвище Чупыш мог носить и крестьянин, и посадский человек. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в метрических книгах церквей Пермской губернии, что подтверждает её народное, недворянское происхождение.