Фамилия Чуйнышена — редкая и звучит непривычно для русского уха. Её основа и суффикс указывают на то, что перед нами, скорее всего, вариант фамилии, образованной от прозвища или имени, и, что важно, она несёт на себе отпечаток регионального произношения.

Словообразовательный разбор показывает суффикс -ен- и окончание -а. Это типичная модель для русских фамилий на -ин, но с характерным чередованием: основа оканчивается на мягкий или шипящий согласный, что даёт не «Чуйнышин», а «Чуйнышен». Подобные формы (с -ен вместо -ин) встречаются в южнорусских и, особенно, в украинских говорах, где произношение смягчает конечный звук основы. Таким образом, Чуйнышена — это фамилия женского рода, а её мужской вариант — Чуйнышен.

Корень фамилии — «чуйныш». Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «чуять» — слышать, чувствовать, угадывать. В русских говорах «чуйный» — это чуткий, внимательный, обладающий хорошим нюхом или слухом. Суффикс -ыш в прозвищах часто придаёт оттенок ласкательности или уменьшительности (сравните: малыш, глупыш). «Чуйныш» — так могли назвать человека с обострённым чутьём, проницательного, или же, в ироничном ключе, того, кто постоянно прислушивается и «чует» новости. Вторая, менее правдоподобная версия — от тюркского имени или прозвища, где корень «чуй» мог означать «слава» или «известность», но в сочетании с русским суффиксом -ыш это выглядит искусственно.

Географически фамилия тяготеет к зоне контакта русских и украинских говоров. Носители фамилии Чуйнышен/Чуйнышена встречаются в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины. Это область, где прозвища с суффиксом -ыш и формами на -ен были обычным делом.

Социальный контекст прост: предок был человеком, получившим меткое прозвище за свою особенность — чуткость, внимательность или умение «пронюхать» выгоду. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В документах XVIII–XIX веков её могли записать и как Чуйнышин, и как Чуйнышен — в зависимости от говора писаря, но современная форма закрепилась именно с мягким окончанием.