Фамилия Чуйнова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или имени с помощью суффикса -ов/-ев. В данном случае основа — Чуйна, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Чуйны» или «из семьи Чуйны». Мужская форма фамилии — Чуйнов.

Корень «чуй» в русских говорах имеет несколько значений, и разобраться в них помогает география фамилии. Чаще всего Чуйновы встречаются в Поволжье, особенно в Нижегородской и Самарской областях, а также на Урале. В этих местах слово «чуйка» означало длинный суконный кафтан, а «чуйный» — одетый в такую одежду или, в переносном смысле, нерасторопный, простоватый человек. Прозвище Чуйна могли дать либо по характерной одежде (носитель чуйки), либо по манере поведения.

Вторая версия отсылает к глаголу «чуять» — слышать, чувствовать, предчувствовать. В этом случае Чуйной могли назвать человека с острым нюхом или проницательного, обладающего чутьём. Однако в русской ономастике прозвища от глаголов чувственного восприятия встречаются реже, чем от названий предметов быта, поэтому версия с одеждой выглядит предпочтительнее.

Интересно, что фамилия Чуйнов не имеет отношения к тюркскому слову «чуй» (река, мусор) или к названию Чуйской долины — это чисто русское образование. Её однокоренные «собратья» — фамилии Чуйкин, Чуйков, Чуев — также восходят к прозвищам, а не к топонимам. В словаре Б. Унбегауна подобные модели описаны как типичные для севернорусских и поволжских говоров, где суффикс -на в прозвищах (типа Чуйна) выполнял роль уменьшительно-ласкательного или просторечного окончания.

Таким образом, предок носителей фамилии Чуйнова — человек, которого в деревне знали по прозвищу Чуйна. Скорее всего, он носил характерную верхнюю одежду — чуйку, либо, реже, отличался особой чуткостью или догадливостью. Фамилия фиксируется в письменных источниках с XVIII века, в основном среди крестьян и мещан центральной России.