Фамилия Чужданова — женская форма фамилии Чужданов, и её происхождение стоит искать в прозвище или мирском имени, данном человеку, который держался в стороне от коллектива. Основа здесь — прилагательное «чуждый», то есть «чужой, посторонний, не свой». В древнерусском языке слово «чужь» означало «чужой, иной, нездешний», а суффикс -да- в прозвищах встречается редко, но встречается: «Чужда» — так могли назвать человека нелюдимого, замкнутого, того, кто «чужд» общему кругу.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище Чужда (или Чуждан) плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность к роду. То есть Чужданов — буквально «сын Чужды» или «потомок Чуждана». Суффикс -ан в основе мог усиливать значение: Чуждан — тот, кто ещё более чужой, отчуждённый. Встречаются и параллельные формы, например, Чужаков, Чужинов, но Чужданов стоит особняком — с редким корнем, который не спутаешь с диалектными вариантами «чужой».

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, но чаще в центральных и северных областях России — там, где в крестьянской среде прозвища давали по поведению и характеру. В списках дворянских родов Чуждановы не значатся: скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVI–XVII веках, когда прозвища массово закреплялись за потомками. Интересно, что в некоторых говорах «чуждаться» означало не только избегать людей, но и быть подозрительным, недоверчивым — так что прозвище могло иметь оттенок осторожности, а не только нелюдимости.

Если говорить о спорных версиях, то иногда Чужданов связывают с тюркским корнем «чуж» (чужбина, чужак), но это натяжка: фамилия явно славянская по словообразованию, и тюркские заимствования в таком суффиксальном оформлении в русских фамилиях нехарактерны. Правдоподобнее всего — исконно русское прозвище, которое закрепилось за родом, где предок выделялся своим отчуждённым нравом или был пришлым человеком на новом месте, «чужим» среди своих.