Фамилия Дакунина чаще всего встречается в южнорусских и украинских регионах, что подсказывает её вероятное происхождение. В её основе лежит прозвище или мирское имя Дáкун, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Дакуна» или «жена Дакуна». Со временем форма закрепилась за родом независимо от пола носителя.

Корень «дак» в южнорусских и украинских говорах имел два значения, и оба могли дать прозвище. Первое — «дакать», то есть говорить «да», поддакивать. Так могли прозвать уступчивого, согласного человека, который не спорил. Второе значение — диалектное «дак» (или «дакать» в значении «кричать, шуметь»). В некоторых областях «дакун» — это тот, кто громко говорит, балагурит или, наоборот, ворчит. Филолог Борис Унбегаун в своём словаре русских фамилий относит подобные образования к группе прозвищ по характеру или манере поведения.

Есть и менее очевидная версия: связь с календарным именем Даниил. В народной речи имя Даниил могло сокращаться до Даня, а форма с суффиксом -ун (Дан-ун) — это уже прозвищный вариант, который потом осмыслили как «Дакун». Такое переосмысление встречается в фамилиях, где исходное имя «затемняется» диалектным произношением.

Примечательно, что фамилия Дакунина — «матроним» по форме, то есть образована от женского имени или прозвища матери. В русской традиции это редкость: обычно -ин добавляли к основе мужского рода. Однако в XVI–XVII веках на южных и западных окраинах Руси, где сильнее было влияние украинской ономастики, фамилии на -ин могли давать и по матери, если она была главой семьи или вдовой. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть сыном женщины по прозвищу Дакуна — той самой, которую звали говорливой или покладистой.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях её носители фиксировались в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях. Изредка встречается вариант написания с одной «н» — Дакунина, но это, скорее, ошибка писаря.